很多女性的卵巢内都有囊肿存在，有些囊肿是不需要过度治疗的，例如生理性囊肿，即使不吃药不手术，三到六个月内囊肿自己会变小直至消失，在没有消失之前对身体也不会有太大的影响。巧克力囊肿就不一样了，这是一种由子宫内膜异位症引起的囊肿，如果不及时治疗，将造成无法挽回的后果。
1.西医手术激素疗法：西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，一般采用手术和激素搭配的方法来治疗。激素疗法有“假孕疗法”之称，原理是让患者产生假性闭经，制造妊娠假象，用激素来抑制月经，缓解一些症状，但激素只能缓解症状，并没有治愈的效果。利用手术剥离囊肿后，巧克力囊肿依然有高达90%的复发率。脏器切除的方法虽说复发率较低，但需要切除卵巢或子宫，对女性来说这是无法挽回的创伤。
2.中医保守治疗：巧克力囊肿在中医上没有明确的记载，但它所表现出的不良反应与“癥瘕”、“痛经”、“不孕”、“月经失调”的类似。中医认为巧克力囊肿的形成多和患者自身脏腑功能有缺陷有关。以中医的辩证治疗法则来看，从活血化瘀，软坚散结，疏通经络等为出发点，重点辨证虚实，寒热，畅阻，由内到外弥补脏腑功能的缺陷，或许可以治愈囊肿，且复发率低。
3.根据各自需求选择：严格来说是根据病情选择治疗方式，如果患者不想做手术，或者手术后复发者，且想保留生育功能，自然是选择中医保守治疗比较好，中医治疗虽说效果较慢，但比起手术治疗来说复发率低，恢复得也较好。但如果患者病情较严重，还是采取手术治疗更为保险。
如何有效地抑制和治疗巧克力囊肿，需要根据患者的病情来诊断确定。巧克力囊肿如果没有得到及时准确的治疗，最后可能会面临需要手术切除子宫的结果。最重要的还是听从医生的话，遵守好医嘱，疾病才会较快恢复。