所有弥散性念珠菌病均应当看作是严重的,进行性的并且可能是致命的.应尽可能地逆转或控制中性粒细胞减少症,营养不良或不能控制的糖尿病等这些先决条件.对大多数严重病人,特别是免疫功能明显受损的病人,建议两性霉素B单独静脉注射或与氟胞嘧啶联合治疗.对无中性粒细胞减少症的念珠菌血症病人,氟康唑的治疗效果与两性霉素B相同,并且有初步资料提示,氟康唑治疗伴有中性粒细胞减少的病例可能也有效.但克氏念珠菌感染对氟康唑无反应,故应当用两性霉素B治疗.其他一些念珠菌,特别是光滑念珠菌对氟康唑的敏感性低于白念珠菌.除有克氏念珠菌或其他抗氟康唑菌株高度流行的医院外,在获知菌种鉴定和体外药敏试验结果前,作为初始治疗可用高剂量(600mg/d或更大剂量)氟康唑口服,或必要时静脉注射.而在克氏念珠菌或其他氟康唑抗性株高度流行的医院,则应当用两性霉素B作为初始治疗.但比较试验不完善,氟康唑治疗全身性念珠菌病的最佳剂量仍未确定.多数专家推荐用400~800mg/d(口服或有必要时静脉注射),特别是因为某些念珠菌对氟康唑的抗性大于白念珠菌.尤其在克氏念珠菌感染常见的医院,则应当用两性霉素B作初始治疗,直至获得体外药敏试验结果.其他唑类药物可能也有效,但没有可供借鉴的疗效对比资料.对念珠菌性心内膜炎尽管可试用氟康唑长疗程抑制性治疗,但最终几乎均需要行瓣膜更换术.
对其他类型弥散性念珠菌病的最佳治疗方案尚无对照研究资料.多数专家推荐两性霉素B,但大剂量氟康唑可能具有相同的疗效.目前,还未建立用于治疗念珠菌性脑膜炎的标准治疗方案.已有报道某些病人用两性霉素B静脉注射获得成功,但很多病人需要鞘内给药.也曾有报道氟康唑有效,常用量为400~800mg/d(口服,必要时静脉注射).有一些念珠菌脑膜炎病例未经任何特效的抗真菌治疗也可自动痊愈.