AS的鉴别应当注意能够引起关节炎和葡萄膜炎的疾病，其中有很多，但各有其特点。如牛皮癣性关节炎主要有皮肤改变，炎性肠道疾病有胃肠道症状。主要与以下两种疾病进行鉴别。
1.类风湿性关节炎(RA)过去曾认为AS也是类风湿性关节炎的一种。现已证明AS有很多方面与类风湿性关节炎不同;AS主要侵犯中轴骨骼，男性病人多，类风湿因子阴性，HLA-B27检出率高，AS比类风湿关节炎更易发生急性前葡萄膜炎;但类风湿关节炎多侵犯末梢关节，女性多见，类风湿因子为阳性，HLA-B27几乎不见，发生前葡萄膜炎者也较少，相反更多发生巩膜炎(表3)。
2.Reiter综合征有关节炎和葡萄膜炎，也有潜隐性肠道炎，而且HLA-B27也可是阳性，与AS相似。但前者特点有结膜炎和尿道炎，一般可以区别。Reiter病有尿道炎、结膜炎、角膜水肿、口腔溃疡和指甲改变，但AS没有这些改变，而且主要是侵犯骶髂关节。