AIDS的并发症主要有严重感染，进行性肾功能不全以及多系统、多脏器功能损害。还可并发各种原发性和继发性恶性肿瘤。常见的并发症主要有：
1.卡氏肺囊虫肺炎X线胸片显示为两肺门周围斑片状阴影，呈间质性肺炎表现。
2.肠炎出现腹泻症状。
3.结核其中肺结核，结核性胸膜炎多见。
4.皮肤、黏膜损害。
5.真菌感染可见患者舌、颊黏膜、软腭和咽后壁呈白色厚膜。
6.并发肾功能损伤时可引起间质性肾炎和肾小管坏死，出现蛋白尿、少尿、高度水肿、氮质血症及肾功能衰竭。
7.内分泌系统的损伤可出现肾上腺功能不全和低肾素血症、低血压、持续性低血钠和高血钾、甲状腺功能低下、糖尿病和肾上腺危象等。