和后天的皮肤性病变不同的是，先天性色素痣主要在大小上和后天形成的色素痣有一定区别，通常面积都比较大，在婴儿早期会出现奇怪的形状，但随着婴儿的长大，皮肤表面也会出现褶皱型的生长，还有一些色素痣会合并血管痣和脂肪瘤等其他症状。
要想去除先天性色素痣，还是应该先进行科学的检查，对先天性色素痣的病理有一个直观的了解才能够权衡利弊，考虑是否进行治疗。去除色素痣比较有效且安全的方法就是采用激光祛痣法，这种方法技术相对安全而且完善，但是要到正规的专业医院皮肤科进行处理。
如果色素痣面积较大，进行激光祛痣之前需要进行局部麻醉，使用激光将皮肤内的黑色素瘤打掉。在激光的巨大能量下使黑色素进行分解，随着人体的新陈代谢排出体外，在皮肤表面也会形成一定的损伤。
先天性色素质由于深度较深而且面积较大，可能在一次性的激光治疗上不能够达到彻底祛除的方式，所以要采用多次去做才能够让色素逐渐变淡，所以要按照医生的建议规律性分疗程进行治疗，给皮肤一定的恢复期，避免留下疤痕。
如果先天性色素痣的直径较小且深度不深的情况下，还可用使用冷冻法和腐蚀法来进行去除，但是腐蚀法由于对原皮肤的创伤形成较大容易留疤，现在使用的频率已经不多，而冷冻法可以直接在色素痣部位进行冷冻导致其脱落，从而起到祛除色素痣的目的。
在选择去除先天性色素痣时，一定要去正规的医院，在专业医生的建议下选择科学的治疗方法，以免对自身皮肤形成更大的伤害。在色素痣祛除以后要避免阳光直射，减轻对皮肤的伤害，在恢复期内也要少服用含有色素的食物，影响治疗效果。