肠结核在慢性演进过程中，可出现各种并发症。
1.肠梗阻 是本病最常见的并发症，主要发生在增生型肠结核。溃疡型肠结核由于邻近腹膜粘连使肠曲遭受牵拉、束缚和压迫，或因肠溃疡愈合而有瘢痕收缩，可使肠腔狭窄引起梗阻。梗阻多系慢性进行性，常为部分性者，程度轻重不等，迁延时间较长，可严重地影响患者营养状况。少数可发展到完全性肠梗阻。
2.肠穿孔 发生率次于肠梗阻，居第2位，主要为亚急性或慢性穿孔，可在腹腔内形成脓肿，溃破后形成肠瘘。急性穿孔较少见，常发生在梗阻近端极度扩张的肠曲，或见于有多段肠狭窄造成的闭锁性肠梗阻。溃疡型肠结核虽有肠曲周围组织粘连，溃疡一般不穿破进入游离腹腔，但在病情发展快，机体反应差时，溃疡可向深部穿透，引起急性穿孔。
3.其他 有腹膜炎、肠粘连、肠套叠和收缩性憩室等。