三联用药对治疗十二指肠溃疡有一定作用，不过当前主流的根除方法是四联用药，它通过在三联基础上增加一种H2受体拮抗剂，来提高整体的治疗效果，同时更有利于受损胃黏膜的恢复。对于由不同原因引起的溃疡，应对症选择药物进行治疗。
该病是由于胃酸长期刺激十二指肠导致的炎症和溃疡现象，根据其主要症状，可以选择如下药物进行治疗。
1.H2受体拮抗剂：该类药物能有效抑胃酸过度分泌，降低胃酶活性，主要用于治疗胃酸过多和胃灼烧症状。常用药物有雷尼替丁、法莫替丁和西咪替丁。
2.质子泵抑制剂：由于该病多数是由于胃酸长期分泌异常而引起，所以能有效抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂成为治疗该病的首选。常用药物有奥美拉唑、雷贝拉唑和兰索拉唑等，一般口服4到8周后，对于该病的治愈率能达到90%以上。但需要注意的是，长期服用该类药物会导致肠上皮化生几率增加，并且有可能掩盖病情真实情况，所以使用该类药物时应进行胃镜检查，以明确诊断。
3.胃粘膜保护剂：该类药物能中和胃酸，避免胃酸、消化酶和食物对溃疡表面的侵袭，常用药物有胶体果胶铋、硫糖铝和枸橼酸铋钾。其中枸橼酸铋钾除了可以用于保护胃粘膜，还能与其它药物组合来根除幽门螺旋杆菌。
4.外科治疗：一般情况下，该病无需手术治疗，但如果药物治疗无效，并且已经出现胃肠道出血、急性穿孔、慢性穿透性溃疡和瘢痕幽门梗阻时，则需要进行手术治疗。
患者一般经过规范治疗后，大部分患者都可被治愈，但以后较为容易复发，其主要原因与患者的不良习惯密切相关。因此，除了要完全根除幽门螺旋杆菌，还要定期到医院进行胃镜检查和C13吹气试验，及时了解胃部病情情况，及早发现，及早治疗。