十二指肠癌的治疗的主要方法是手术治疗，在术前要对患者的身体状况进行调整以耐受手术，包括若患者出现黄疸、胆红素增高，则需要减黄，减黄的方式
一是做外引流，穿刺管进入胆管把胆汁引入体外，
二是做内引流，通过支架、导管或者胆肠吻合，使胆管内的胆汁和肠道进行转流，通过这些姑息治疗的方式，使黄疸降至正常水平，若患者有消化道梗阻，则要控制饮食，给胃肠减压，另外，患者要适度锻炼，有助于术后的恢复；治疗的方法首先是根治性的切除术，就是胰十二指肠的切除，包括胰头十二指肠、十二指肠全肠、部分小肠、胆管下端，不但要完整切除，而且边缘要处理干净；那有些情况，也可采用局部切除的方式，有可能对患者损伤更小，并发症率更低，到底采取哪种方式没有统一的标准，要根据患者而具体情况进行评估；对于远端有癌症转移的患者，不适用于手术治疗，则可采用姑息性疗法，包括短路手术、胆管和空肠的吻合、胆道放支架等方式，但这种方法只是暂时控制，肿瘤还会进一步发展；
术后，根据患者的病理状况，进行一个月左右，八次的化疗，使肿瘤的复发率降低；对于化疗的一些副作用，例如血象下降、白细胞减少、恶心呕吐、腹泻、脱发等，可调整化疗的剂量和方案，建议患者到有经验的治疗中心诊治；尤其是十二指肠癌的治疗难点在于对肿瘤可切除性的判断，如果能够进行根治性的切除，对患者的生存会有显著的提高，所以应选择有治疗经验的机构制定精细的治疗方案。