食管可以被多种不同的原因引起损伤，根据损伤的原因大体上分为机械性损伤和化学性损伤。机械性损伤中又可分为腔内损伤和腔外损伤。近年来随着在食管腔内用仪器进行诊断和治疗的病例迅速增加，医源性食管损伤在这类疾病中占的比例也不断无病增大，另外根据食管损伤的部位又分为颈部食管损伤、胸部食管损伤和腹部食管损伤。
1.腔内损伤 采用腔内医疗器械诊断和治疗食管疾病在当今是相当安全的，但并不是完全没有危险。食管腔内损伤多发生在用这些器械在食管内或通过食管进行诊断和治疗的过程中，采用硬食管镜发生的并发症要比纤维食管镜高。在有膈上憩室、贲门失弛缓症、食管狭窄的病人，如果不小心操作则更易发生食管损伤。
2.腔外损伤 腔外损伤主要由于胸部或颈部挫伤或穿透性枪伤、刀伤，并多与胸部或颈部的其他损伤同时存在。
肠道结构中的浆膜和粘膜下层含有抗张力的胶原和弹力纤维，由于食管没有浆膜层而不同于消化道的其他部位，使之更易于损伤。食管的颈段后壁粘膜被覆一层很薄的纤维膜，中段仅被右侧胸膜覆盖，下段被左侧胸膜覆盖，周围没有软组织支持，加上正常胸腔内压力低于大气压，这些是食管易于损伤的解剖因素。用仪器在食管腔内检查和治疗引起损伤的并发症主要是食管穿孔。食管穿孔的部位是环咽肌和咽括约肌连接处的颈部食管，约50%的食管穿孔发生在环咽部Lannier's三角，这个三角由咽括约肌和在颈椎5、6水平的环咽肌构成。当有颈骨刺和颈部过伸时，极易被损伤发生穿孔。第二个用仪器易引起食管损伤的部位为上段食管，这个部位相对狭窄，部分同肺门、主动脉弓及左主支气管固定。其他易于损伤的部位是食管的远端与胃连接处，还有梗阻病变的近段、食管癌延伸的部位以及进行检查或扩张的部位。
食管穿孔后口腔含有的大量细菌随唾液咽下，酸度很强的胃液、胃内容物在胸腔负压的作用下，较易经过穿孔的部位流入纵隔，导致纵隔的感染和消化液的腐蚀，并可穿破纵隔胸膜进入胸腔，引起胸腔内化脓性炎症。