肾结核晚期吃药治疗效果并不理想，因此需要通过手术疗法控制病情的发展。常用的有结核病灶清除术、肾部分切除术以及肾切除术等，患者还需注意做好术前的检查以及术后的各项调理工作，以便帮助身体更快的恢复到正常状态。
部分肾结核患者发病晚期病灶还是局限在肾脏的某一个位置，因此可以采用结核病灶清除术或肾部分切除术的方法切除病变组织，这样能够保留基本的肾脏功能，防止病情的不断加重。做完术后还需注意做好相应的调理工作，防止术后其他并发症出现。
肾结核晚期的患者，进行相关的检查如果发现肾脏功能受破坏的情况较为严重，就需要通过手术方法将患病一侧的肾脏切除，否则时间长了另外一侧健康肾脏也会受到波及，并产生结核性病变。如出现肾积水的现象，也需想将肾积水引流保护肾功能，病情稳定以后再进行肾脏切除手术。
肾结核晚期患者在手术治疗期间，也要坚持服用抗结核菌感染的药物同步治疗，效果会更好。另外治疗期间要保证营养均衡，多吃一些含维生素丰富的食物，不能吃辛辣刺激、烧烤熏制的食物，也不能吸烟喝酒或者是过度劳累，否则都会导致病情加重影响恢复。