1.输尿管肿瘤 输尿管肿瘤中常见良性病变为输尿管息肉，恶性病变为输尿管癌。与输尿管结核均引起病变以上输尿管扩张，肾积水和肾功能减退。输尿管肿瘤的特点是病人多以无痛性血尿就诊;排泄性及逆行性尿路造影，显示输尿管病变处有充盈缺损，病变以上输尿管扩张，其黏膜光滑，不像输尿管结核那样病变范围广泛，呈虫蚀状、串珠状改变。输尿管可因积水而呈S样改变，但无僵直的表现;尿液中脱落细胞检查可阳性。
2.输尿管炎性狭窄 由非特异性感染引起，多继发于肾盂肾炎、膀胱炎。排泄性和逆行性尿路造影显示输尿管炎症部位局限性狭窄，狭窄部位以上输尿管扩张、肾积水，应加以鉴别。但肾盂、肾盏无破坏性改变;尿液细菌培养阳性，而结核分枝杆菌培养阴性。膀胱镜检查膀胱黏膜有水肿、充血，但无结核结节、肉芽创面和溃疡。其临床表现为输尿管炎特点，由于输尿管蠕动而发生阵发性绞痛。而输尿管结核以尿频、尿急、尿痛为主要临床表现，两者有区别。
3.输尿管周围炎 输尿管周围炎病因不明。其病变发生为腹膜后纤维组织增生，增生的组织包绕一侧或双侧输尿管。常见于输尿管肾盂交界处和髂血管分叉处。但也可以累及盆腔以上输尿管甚至肾脏。由于纤维组织包绕输尿管导致输尿管狭窄，输尿管僵直，肾积水，两者需加以鉴别。输尿管周围炎少见，较少有尿频、尿急、尿痛，排泄性及逆行性尿路造影显示输尿管向中线移位，管腔变细，但输尿管管腔光滑，无虫蚀状及串珠状改变，肾内无破坏病灶;膀胱镜检查膀胱黏膜无结核结节、肉芽创面和溃疡;尿液检查脓细胞少见，无米汤样脓尿。