肾囊肿的治疗，就目前来讲没有特异性的治疗方法。囊肿较大时可以采用后腹腔镜囊肿去顶术，解除或缓解压迫，延缓肾功能的损害。出现出血、感染时，行内科保守治疗，无效时，症状严重可以考虑行肾切除术（此侧肾功能已经无保留价值，否则尽力保肾）。
治疗方法
一、一般治疗
囊肿直径少于4cm，无肾盂肾盏明显受压，无感染、恶变、高血压，或症状不明显者，只需密切随访观察，定期 B超复查。
二、西医治疗
(一)穿刺放液+硬化剂治疗
1．适应证 本方法适用于囊肿直径大于4cm，有症状，经检查排除恶性变感染的患者。
2．常用硬化剂、四环素、磷酸锁、95％的酒精、50％葡萄糖。
3．禁忌证 局部皮肤有感染者，有严重出血倾向的患者。
4．并发症 出血、感染、血气胸、肾撕裂伤，动静脉瘘、损伤性尿囊肿及硬化剂外渗对肾周围组织的刺激和损害。
(二)穿刺放液加抗生素治疗
1．适应证 直径大干4cm时肾囊肿合并囊内感染者。 B超引导下穿刺放液后，根据可能感染的菌株再注入敏感的抗生素。
2．禁忌证和并发症与穿刺加硬化剂相同。
(三)手术治疗
1．适应证(方法有开放手术及腹腔镜)
(1)囊肿合并感染，穿刺放液加抗生素治疗失败。
(2)囊肿恶性变。
(3)穿刺加硬化剂治疗失眠。
(4)巨大肾囊肿。
2．禁忌证 严重心肺肝肾功能障碍不能耐受手术，囊肿恶性变有远处转移者。
3．术式选择
(1)囊肿去顶术，适用于绝大多数肾囊肿患者；
(2)肾切除，适用于囊肿恶性变或囊性肾癌。
4．术后并发症常为感染、出血、尿瘘。腹腔镜术后抗并发症有气检、皮下及纵隔气肿、肠管损伤出血、感染等。
(四)非手术治疗 主要适用囊肿合并感染出血。
西药药物 治疗囊肿感染的药物有青霉素类、头孢类、喹诺酮类抗生素等。慎用肾毒性抗生素。止血药：立止血 1ku，肌注，每日一次，对老年病人安全，不会产生血栓
中医治疗
一、．辨证论治
1．湿热蕴肾证：肢体浮肿，小便不利，灼热刺痛。色黄或红，腰背胀痛，口腻纳呆，渴不欲饮，身胀困重，舌红，苔黄腻，脉濡数。清热化湿。代表方：四苓散、八正散、小蓟饮子加减。
2．脾肾阳虚水停证：浮肿明显，面色苍白，畏寒肢冷，腰腿酸软，神疲乏力，纳呆或便溏，小便短少或清长，少腹可荆及水囊样包块，舌嫩淡胖，苔白滑，脉沉细，或沉迟无力，温补脾肾，利水消肿。代表方：附子理中汤合真武汤加减。
3．肾虚血瘀水聚证：肢体浮肿，小便短少，腰膝酸软，耳鸣，口唇色暗，眼眶发黑，指甲紫暗，腰胀痛或刺痛，小腹包块有压痛，舌淡暗，脉细涩。补肾利水，活血化瘀。代表方：右归饮合少腹逐瘀汤，五苓散加减。
4．肾虚火旺证：小便短赤带血，头晕耳鸣，神疲，颧红潮热，口干咽燥，腰膝酸软，舌质红，脉细数。滋阴降火，凉血止血。代表方：知柏地黄汤合小蓟饮子加减。
二、针刺治疗
肝俞、脾俞、肾俞、志宝、飞扬、太溪；膻中、鸠尾、中脘、肩俞、气海、复溜、三阴交。每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
三、单方验方
1．白茅根50g，煎水服，每日一次。
2．车前子、泽泻各30g，煎水服，每日一次。
3．黄芪、莲肉各15～30g，赤小豆30g，砂仁3～6g，葱白 1茎，生姜3片，鲤鱼 1条，药鱼同煮，不放盐，吃鱼喝汤，可消肿利尿。
疗效评定
一、治愈
囊肿、体征、症状消失。
二、好转
囊肿缩小2／3以上，仍有不同程度的症状、体症存在。
三、无效
囊肿的大小、症状和体症与术前无变化或有加重。