肾囊肿是否会导致腰痛，需要根据患者的实际情况作出判断，肾囊肿是发生在人体肾脏部位的结构异常性疾病。有单纯肾囊肿和遗传性肾囊肿之分，主要表现为血尿、腹部肿块和蛋白尿等症状。
一般情况下，当患者的囊肿在肾实质中且囊肿的直径小于5cm时，症状较轻，不会引起腰痛；当患者的囊肿在肾盂周围且囊肿直径小于5cm时，会出现肾脏出血、肾积水和感染等情况，存在引起腰痛的可能性。当患者的囊肿直径大于5cm但未突破肾实质表面时，一般不会导致腰痛；当患者的囊肿直径超过 5cm时，对人体的影响较为明显，对人体的腰部压迫感较强，一般会导致腰痛。
此外，除囊肿本身可能导致患者出现腰痛外，囊肿患者伴随着的腰部肌肉损伤、腰间盘突出或者腰脊椎骨质增生等病症，也可能导致腰痛的发生。
肾囊肿一般无症状，当出现腰痛现象时，应当注意及时到医院就诊，在确认病症后根据医生的指导进行针对性治疗。主要的治疗方法有肾囊肿穿刺抽液注入硬化剂，以及肾囊肿去顶减压切除术。要根据不同的病情，选择不同的方法来治疗。同时，日常生活中需注意休息，避免剧烈运动而导致病情加重。