单纯性肾囊肿不影响患者的性功能，也不影响睾丸的激素排泄，一般雄激素水平正常，可以坚持男性正常的性欲和勃起功能，不会影响男性勃起神经，导致勃起神经损害和阴茎勃起功能障碍，因此与男性性功能障碍无关。
肾囊肿不影响性功能，如果是小肾囊肿，不需要任何治疗，这个时候定期复查泌尿系统具有重要意义。若是肾囊肿>4cm，且患者有腰背部肿胀、疼痛和不适的症状，可通过手术治疗。而影响性功能的常见疾病是高血压、糖尿病和高脂血症。
肾囊肿是一种良性疾病，其体积可以缓慢增加，增加后或许压迫肾脏，发生部分疼痛或肿胀不适。但是体积小时，对人体没有损害，原则上，无需任何治疗即可观察到最大直径小于4cm的全部获得性肾囊肿。如果体积过大并伴有症状，可进行肾囊肿穿刺，在提取和减压囊性液体后，症状可以消失。因此，在治疗过程中，男性的性功能不会受到影响，这与性功能障碍完全不同。
肾囊肿和性功能之间没有直接关系，疾病分为两类，比如非遗传性和遗传性，遗传性疾病包含遗传性多囊肾病、肾髓质囊性疾病、宗族性肾小球囊性发育不良、髓质海绵状肾等。非遗传性肾囊性疾病多见于单纯性肾囊肿，可见于儿童或成人，囊肿来源于远端肾回旋小管和集结管的囊性扩张，它们呈准圆形。