(一)发病原因
病因不明，本病可能由某些不明的损伤因子引起。一份文献报道，伴有葡萄膜炎的“肾-眼综合征”可能与衣原体感染有关。
(二)发病机制
特发性ATIN发病机制尚不清楚，可能与抗小管基底膜抗体、血嗜酸性粒细胞增多和血清IgE水平增高、甚或包括膜病变的肾小球损伤有关，部分病例伴有肾脏、骨髓和葡萄膜肉芽肿浸润，提示本病可能是一种系统性疾病。以单个核细胞为主的间质浸润、症状的持续性以及自发起病的特点，提示本病发病机制可能有免疫学基础。
最近在一例5岁女性和一例37岁男性小管间质肾病-葡萄膜炎综合征患者检测到抗中性粒细胞胞质抗体(ANCA)，为核周型，提示在部分病例，自身免疫可能参与本病发病机制。几乎各种间质性肾炎都有淋巴细胞浸润，但除了移植排斥反应外，其他疾病一般都未被证实是由这些淋巴细胞介导。然而有力的形态学和免疫学证据支持T细胞在药物过敏、类肉瘤病和特发性急性小管间质性肾炎、葡萄膜炎综合征这三种间质性肾炎发病机制中的介导作用。这些疾病被称为特发性T细胞介导的小管间质性肾炎。
已认识到有两类由抗体介导的小管间质性肾炎：一类由针对小管基底膜的抗体介导，称为抗小管基底膜病;一类由针对其他未知抗原的抗体介导，有循环或原位形成的免疫复合物沉积。这两种类型的小管间质性肾炎可作为原发病变出现，或作为其他肾疾病时的继发表现。