间质瘤恶性程度有很大差异，与肿瘤有丝分裂直接相关，如果是恶性肿瘤，术后应该运用靶向药物治疗。肿瘤对放化疗的敏感性较差，尤其是低度恶性肿瘤，通过手术治疗会有更好的效果。因此，间质瘤术后要不要化疗要了解清楚。
间质瘤术后要不要化疗取决于良恶性程度，如果是恶性肿瘤，应该考虑利用伊马替尼靶向治疗。尤其是中、高危患者，可能需要用药3到5年。而需要用药5年以上的患者，应依据临床试验结果来判断用药标准，如果伊马替尼化疗失利或不能耐受，应该转向二线靶向治疗，即索坦治疗。尤其是中高危胃肠道间质瘤患者，如果伊马替尼用药19个月到57个月，治疗效果不好，应该考虑换一种药物来改善疾病。
间质瘤术后辅助治疗以胃间质瘤的复发危险为基础，比如高危、中危、低危患者术后辅助用药标准不同。因此，药物选择应依据胃间质瘤术后基因检测来判断，如果无特别突变，用药时间和用药计量不同。一般用药时间按危险程度分为中危、高危，对于危险程度高的间质瘤患者，应该运用二线药物索坦，这种药物效果好，可以有效控制疾病，持续用药一段时间，病症就可以彻底治愈。因此，间质瘤术后如何化疗，应该依据用药的不同标准来判断。
间质瘤起源于间充质组织肿瘤，可分为恶性和良性，这个时候根据病症类型才能确定要不要化疗，比如术后病理切片检测。如果是良性间质瘤，外科手术切除就可以打到治疗目的，而较大的恶性间质瘤，除了手术治疗，还要运用化疗药物消除手术无法切除的恶性肿瘤。