胃肠道间质瘤没有详细病因，但或许与不良的生活习惯，引起机体免疫力下降，增强患病风险。除此之外，不良饮食习惯、环境、遗传等，都是造成胃肠间质瘤的原因，患者们一定要分析清楚发病原因，后期才能达到标本兼治目的。
胃肠间质瘤发生后，患者会有上腹部不适、胃酸反流等，这个时候需要做胃镜检查，对于病症小于2厘米的肿瘤不建议治疗，超过2厘米进行治疗。当然，除了根据病症判断治疗方法，原因分析对治疗疾病也具有重要意义，建议患者可以通过X线、B超、CT或MRI检查，这个时候有必要了解清楚骨侵犯状况或是否有病理性骨折。如果检查发现病症严重，发病原因应该和遗传、环境有关。
胃肠间质瘤早期检查发现胃肠道有一些肿瘤，圆而长的突起，这好像与癌症不同，临床上把这种疾病分为滑润肌瘤、肌源性肿瘤或其它良性肿瘤。根据研究发现，不同类型的胃肠间质瘤，发病原因不同。如果滑润肌瘤有一些基因突变，应该和遗传因素分不开，由于病因复杂，患者们需要了解清楚病理特征、临床检查结果后，才能确定对症治疗效果。因此，分析胃肠间质瘤过程中，一定要结合多个方面来了解，这对确定病理因素具有重要意义。
胃肠道间质瘤的发病机制以上已经介绍清楚，根据发病案列认为，大多数胃肠道间质瘤含有酪氨酸激酶受体基因突变。早期临床表现为腹痛、腹部包块，并伴有呕吐、恶心和贫血。此外，还有一些非特异性表现，如食欲不振、体重减轻或吞咽困难，因此胃肠间质瘤发病原因和病理特征的了解，对后期疾病治疗具有重要意义。