肠胃间质瘤常见于胃、小肠和结肠，占65%。其中胃间质瘤主要是指胃内的胃间质瘤，一般小于3厘米的肿瘤适宜内镜微创手术，大于3厘米的患者需求开腹手术治疗。因此，患者早期要进行检查，了解清楚肿瘤的大小和严重程度，从而来选择一种适合的手术方案。
肠胃间质瘤是发生在胃肠道梭形间质细胞中，一种具有潜在恶性风险的肿瘤，常表现为消化道壁黏膜下拱起性病变。一般肿瘤较小时，病灶外表光滑无缺，肿瘤进一步扩展，就会构成外表分裂，形成溃疡，并引起胃肠道出血等并发症。这个时候进行胃镜和内镜超声检查有助于确诊疾病，后期听从医生安排选择内镜下切除或外科切除。临床上，常用的内镜下切除方法，有内镜黏膜下肿瘤切除术，对于直径大于2cm的肠胃间质瘤，主张通过这种手术来治疗。
肠胃间质瘤手术切除是最佳治疗方式，早期要对患者进行彻底检查，分析病症是否有其它部位的转移。如果患者的肿瘤仅局限于胃底，没有其它部位的转移，那么手术是最好的治疗方法。可是并非全部患者都能在第一次，就诊时进行手术切除，毕竟只有对肿瘤大小，以及是否侵略附近器官分析清楚后，才能确定手术方案。例如肿瘤较大，侵略附近器官，如侵略脾脏或膈肌，手术很难达到彻底治好的效果。因此，患者要在间质瘤手术前，利用靶向药物治疗一段时间，减少肿瘤再经过手术医治，可以达到更好的治疗效果。
根据以上介绍认为，肠胃间质瘤还是以手术治疗为主，能彻底铲除病症，起到相对较好地目的。但若是肿瘤不能彻底切除或切除过程中肿瘤遭到危害，则康复相对较差。但对于不能切除的患者，可以选用药物医治，比如伊马替尼药物可以帮助患者控制病症。