新生儿胃肠道功能紊乱导致的小儿营养不良，从中医的角度来看，是胃肠极滞，建议到当地找中医看看，吃一吃中药汤剂。小孩的消化系统发育不完善，所以很容易由于各种原因，导致消化功能异常，引起腹泻。患儿可以服用一些改善消化功能的药物如金双歧，生活中，多饮水，喂奶采取少量多次的方式，避免受凉。
新生儿肠胃功能紊乱又称功能性胃肠病，是一组胃肠综合征的总称，多半有精神因素的背景，以胃肠道运动功能紊乱为主，而在生物化学和病理解剖学方面无器质病的改变。本症不包括其他系统疾病引起的胃肠道功能紊乱。临床表现主要是胃肠道的有关症状，常伴有失眠、焦虑、注意力涣散、健忘、神经过敏、头痛等其他功能性症状。
新生儿肠胃功能紊乱宝宝确实是消化不良症状。肠道菌群紊乱会引起消化不良，消化不良即可致胃肠功能不好，两家说的都对。如果宝宝只是有消化不良症状，一般状况较好，如无发热，最好不要吃头孢克洛，利巴韦林颗粒，罗通定片，及阿莫西林干混。宝宝消化不好，肯定不能吃纯牛奶，如果腹泻时间长，需喂养去乳糖奶粉，此种奶粉中不含乳糖(乳糖可致宝宝长期腹泻)。如果只是短期腹泻，没有必要。
新生儿肠胃功能紊乱腹泻较多，应注意小孩有无脱水症状，如尿量减少，口唇皮肤发干。一旦有脱水症状，需及时输液补液。一般服用上述两种药物一周左右宝宝大便可明显见好，最好先做个大便常规检查，看有没有霉菌，改善宝宝肠道功能，帮助宝宝消化吸收的，如果不是炎症引起的。