对于胃间质瘤往往分为良性和恶性，不过一些人最为害怕的还是其发生病变，一些人对与间质瘤并没有什么概念，所以对于一些良性和恶性的标准也相对不清晰，以下我们就来说一下。
临床判定GISTs的良恶性十分困难。对于这方面的文献各家道不一，评价的标准也不一致。Lewin等指出影响GISTs的生物学行为的因素包括：有无邻近组织的侵犯及远处转移，有无黏膜的侵犯，核分裂数，瘤体的大小，肿瘤细胞密集程度，细胞分裂数，有无出血坏死等。其中，肿瘤的大小和核分裂象被认为是判定GISTs生物学行为最有价值的指标。
Emory等提出将GISTs分为良性，潜在恶性，恶性，具体如下：恶性指标有：①肿瘤具有浸润性;②肿瘤出现远近脏器的转移。潜在恶性指标有：①胃间质瘤直径5cm，肠间质瘤直径4cm;②胃间质瘤核分裂象5个/50HPF，肠间质瘤核分裂象1个/50HPF;③肿瘤出现坏死;④肿瘤细胞有明显异型性;⑤肿瘤细胞生长活跃，排列密集。
当肿瘤具备一项恶性指标或两项及以上潜在恶性指标时，则为恶性GISTs;仅有一项潜在恶性指标时，则为交界性GISTs，否则为良性GIST。但是有道指出即使是良性的肿瘤，在10年或20年后也出现了恶性转化。因此，目前学术界倾向于废除良恶性标准。