在临床工作中，准确诊断功能失调性子宫出血并非易事，而误诊“功能失调性子宫出血”常有发生。不正常子宫出血可由多种疾病引起。
1.妊娠及妊娠相关疾病
(1)流产：当患者无停经史而伴有不规则少量阴道出血，尤其近围绝经期者，容易误诊为功能失调性子宫出血。
(2)宫外孕：部分宫外孕患者无停经史而以不规则阴道出血为主要表现，个别还可表现为较多量的阴道出血，如以“功能失调性子宫出血”给予雌孕激素治疗，常可导致严重后果，可能发生输卵管妊娠破裂。
(3)滋养细胞疾病：近围绝经期葡萄胎患者可能被忽略妊娠的可能性，无葡萄胎史的绒癌患者也可能误诊功能失调性子宫出血延误确诊时间。
2.生殖器官肿瘤
(1)子宫肌瘤：尤以小型黏膜下肌瘤伴有不规则阴道出血的围绝经期患者可能误诊。应了解子宫基本正常大小时，仍有器质性疾患存在的可能。若按功能失调性子宫出血治疗无效时，更应进一步确定诊断。
(2)宫颈及子宫恶性肿瘤：如子宫内膜癌往往以不规则阴道出血为主要症状。如不及时行诊刮术则可能误诊为功能失调性子宫出血而延误治疗。
(3)功能性卵巢肿瘤：如卵巢颗粒细胞瘤及卵泡膜瘤，可因肿瘤分泌的雌激素作用导致子宫内膜增生过长，如仅针对内膜病变治疗，则延误了卵巢肿瘤的诊断。
3.生殖器的其他器质性疾患常见的有子宫内膜异位症、子宫肌腺病、盆腔炎、盆腔结核，尤其在子宫内膜结核的早期，以及子宫内膜息肉、宫内节育器所致不规则阴道出血均常与功能失调性子宫出血混淆。
4.全身性疾病包括急性感染、血小板减少症、再生障碍性贫血、白血病、肝硬化、以及抗凝血治疗等，都有可能在一段时期内被误为“功能失调性子宫出血”。