(一)发病原因
表皮囊肿的发生有以下几种可能：
1.来自向表皮分化的外胚叶残留组织。
2.毛囊皮脂腺导管的阻塞。
3.手术外伤引起，致小片表皮种植到真皮组织内，这种情况多见于曾有手术之处，如会阴切开缝合处，会阴修补处。
(二)发病机制
表皮囊肿是由表皮组成，其囊壁包括表皮的棘细胞层、粒细胞层及角质细胞。囊壁的外层也可见到上皮钉脚。囊内常见浅表层角化细胞聚集，切开囊壁，呈灰白色豆渣样物，其中充满角质蛋白，排列成层。如果为时较久，囊内压力较大则鳞形上皮被压为极薄一层扁平上皮。有时在囊壁临近组织中见到有异物巨细胞反应，是由于角化破出所引起。