(一)治疗
最有效和可靠的治疗手段是避免抗原接触，如调换工作环境、使用呼吸防护设备、清洁空气温度调节器和空气湿度调节器等。对严重发作的病例可以给予肾上腺皮质激素治疗，具体的剂量和治疗时间目前尚无结论，但大多数学者给予泼尼松(强的松)口服，开始剂量为40～60mg/d，2周后逐渐减量，总疗程为4～6个月。泼尼松(强的松)能降低急性期持续时间和死亡率，但不能预防慢性EAA的发生。对慢性EAA病人也可给予小剂量激素治疗，但临床效果差异很大。其他的非皮质激素类抗炎药物或系统性免疫调节剂对EAA治疗无效。
(二)预后
如果病人在出现永久性的放射学或生理学异常之前，脱离接触过敏源，病人的预后良好，如果病人此时不能脱离过敏源，使用面罩预防急性EAA的发生，则病人的预后仍然良好。如果病人持续接触过敏源，有10%～30%的病人将发展为肺间质纤维化。据报道农民肺发病后5年死亡率可达20%。总体而言，长期小剂量接触要较短期间断接触过敏源的预后差。