临床表现复杂多样，部分病例有慢性倾向。
1.小肠结肠炎 约2/3病例表现为此型，潜伏期4～10天，急起发热、腹痛和腹泻，水样稀便，可带黏液，偶见脓血。少数有呕吐。病程一般数天，可长达1～2周。
2.末端回肠炎 病变以末端回肠、阑尾和肠系膜淋巴结炎症为主。临床特点是突然发热、右下腹痛或压痛，可伴腹泻，外周血白细胞增多。
3.败血症 多见于老人或机体免疫力低下的患者。持续高热、肝脾肿大，头痛、腹痛，但不一定伴有腹泻。部分病人有身体其他部位迁徙性脓肿病变。外周血白细胞增多。
4.变态反应性病变 有10%～30%成人小肠结肠炎病例可继发关节炎。在急性腹泻数天后出现多个关节疼痛，甚至肿胀，约经2～14天炎症达高峰，此后逐渐消退，2/3病例在1月后消退，其余可持续数月之久。关节积液中有较多的白细胞，但细菌培养阴性。尚可并发结节性红斑、虹膜睫状体炎、脉络膜炎、动脉炎、溶血性贫血和肾小球肾炎等。
凡进食可疑被污染的食物或水;有与感染动物接触史;临床发热、腹泻、腹痛、败血症，以及全身任何部位的炎症或脓肿表现，并且伴有毒血症状者，均应疑有耶尔森菌感染的可能，确诊有赖于细菌学检查。