肠吸收不良综合征是一组以肠道吸收障碍为主要特征的疾病，这些疾病虽然病因不同，但临床表现相似.
腹泻是最常见且显著的症状，可能表现为脂肪泻，呈浅色、油腻、恶臭、浮在水面。腹痛和腹胀是由于食物在肠道内发酵、产气所致，尤其是在进食高纤维食物后更为明显。食欲减退可能伴随体重下降。
由于营养物质吸收受阻，患者可能出现体重减轻、消瘦、肌肉消耗等症状。由于铁、叶酸、维生素B12等造血原料吸收不良，可能导致缺铁性贫血或巨幼细胞性贫血。全身乏力、容易疲劳，与营养不良有关。皮肤和指甲改变如皮肤干燥、脱发、指甲易碎等，与维生素和矿物质缺乏有关。
骨骼症状如骨痛、骨折等，与维生素D和钙吸收不良导致的骨质疏松有关。神经系统症状如感觉异常、共济失调等，与维生素B12缺乏导致的神经系统损伤有关。
口腔症状如舌炎、口腔溃疡、牙齿脱落等，与维生素缺乏有关。部分患者可能出现免疫功能低下，容易感染。
部分患者可能出现焦虑、抑郁等心理症状，与长期的躯体不适和营养不良有关。