1.血象 大多数患者血象正常。急性期患者如合并细菌感染时白细胞计数轻至中度增高，慢性期患者可有不同程度的红细胞计数及血红蛋白降低。
2.病原体检查 腹泻物中查找结肠小袋纤毛虫是诊断重要依据。一般应从患者新鲜粪便中直接涂片检查，粪便排出后6h内，滋养体仍可保持活动，过长则活动消失影响观察。由于结肠小袋纤毛虫在人肠道内极少形成包囊，故在粪便中应以查找滋养体为主。但在少数便秘患者粪便中也可能发现包囊。粪便中排虫常呈间歇性，一般应反复检查。检查时须注意挑取黏液部分直接生理盐水涂片观察，必要时可作铁苏木素染色。结肠小袋纤毛虫应注意与溶组织内阿米巴滋养体、动物纤毛虫和其他自由生活纤毛虫相区别。鉴别特征是本虫较大，椭圆形，前端有纵裂的胞口及核。如反复粪检仍未能发现，可通过乙状结肠镜自肠黏膜溃疡边缘刮取材料或取病变组织做病理检查，常可发现滋养体。