1.血常规检查 白细胞多在正常范围，分类亦无明显变化。
2.脑脊液检查 脑膜炎、脑炎患者的脑脊液可呈非化脓性炎症改变。压力轻度增高，白细胞数轻度增多，多为(100～300)×106/L，很少超过500×106/L，初期多核为主，2天后淋巴细胞占90%左右。糖和氯化物无变化，蛋白轻度增加。
3.病毒分离 用组织培养和动物接种分离病毒。如能从病人血液、脑脊液、心包液、疱疹液及组织中分离到病毒则可作为确诊依据。如从粪便及呼吸道分泌物中分离出病毒则需结合血清学检查加以判断，因咽部和肠道有健康带毒者。
4.血清学检查 特异性高的抗体为中和抗体，病后2周开始升高，3周时达高峰，可维持3～6年，故不能用于早期诊断。近年来已建立了检测特异性IgM抗体的方法，如用ELISA抗体捕捉法检测B组病毒IgM抗体，阳性率为67%，同组病人病毒分离阳性率为22%。国内有人用亲和素-生物素复合酶-间接免疫组化法(ABC-IPA)可检测患者血清及脑脊液中的柯萨奇B组病毒IgM抗体，有早期诊断价值。
5.分子生物学检查 用病毒已知序列的cDNA做探针，用分子杂交的方法检测标本如血液、脑脊液中的病毒RNA，或用RT-PCR方法扩增标本中的少量病毒核酸均可达到病原学早期诊断的目的。
6.分子生物学检查 已应用RT-PCR方法测定患者血液、脑脊液及尿液中埃可病毒的核糖核酸，敏感性高，可快速诊断。
根据临床需要选择X线、B超、心电图等辅助检查。