儿童经常便秘的原因包括器质性原因和功能性原因。器质性原因由消化道器质性疾病、内分泌代谢疾病、药物因素等引起。功能性原因由缺乏纤维素或水分，生活环境和规律混乱，缺乏运动引起。一般儿童经常便秘主要原因是日常的挑食，身体内部菌群失调，脾胃虚弱等因素引起。治疗便秘，需要针对便秘的具体原因，再对症治疗。
1.器质性原因
儿童经常便秘可能是由于消化道器质性疾病，消化道先天畸形会引起肠梗阻，如先天性巨结肠，肠道发育畸形。常见于先天性甲状腺功能减退和糖尿病，也会引起便秘。服用铁、钙、阿片类抗抑郁药、钙通道拮抗剂、利尿剂和抗组胺药，也会引起便秘。
2.功能性原因
食物中缺少纤维或水分，对结肠运动的刺激减少，如母乳配方奶粉、牛奶摄入不足、蔬菜摄入过少，也会导致儿童经常便秘。生活环境和生活规律的打乱，如生活环境，是引起便秘的原因之一。孩子身体虚弱，活动量少，还会导致排便困难，引起便秘。