一般常规检查正常，致肛裂时可有便血和黏液。应查甲状腺功能，注意除外甲状腺功能低下和佝偻病等疾病。
1.胃肠X线钡剂造影 可根据钡剂在胃肠道内运行的情况，了解结肠的运动功能状态，区分张力减退性便秘和痉挛性便秘，并可及时发现器质性病变，如先天性巨结肠、肿瘤、结核等。
2.直肠镜、乙状结肠镜及纤维结肠镜检查 这几种检查可直接了解肠黏膜状态。由于便秘，粪便的滞留和刺激，结肠黏膜特别是直肠黏膜常有不同程度的炎症性改变，表现为充血、水肿、血管走向模糊不清。此外，在痉挛性便秘可见到肠管的挛缩性收缩，肠腔变窄。
3.肛管直肠测压术 肛管直肠测压术是儿科常用的一种了解直肠肛门功能障碍的技术。遇有严重便秘的患儿可用测压术确定直肠扩张时的阻力、肛管的静息紧张度、肛门随意肌收缩的强度以及病儿对直肠扩张的自我感觉，并可对肛门括约肌反射做出评价。注意必须由有经验的人员来操作，以免对结果判断错误。根据Karen对慢性便秘患儿的肛门直肠和远端结肠动力学研究，几乎全部病例都有功能异常。
4.肌电图 对盆底肌和肛外括约肌进行肌电图观察是评价慢性便秘的有用方法。正常人休息时盆底横纹肌的张力维持紧张状态。应用体表皮肤电极探测，全部正常小儿排便时肛外括约肌张力下降，而便秘患儿仅42%有耻骨直肠肌或肛外括约肌出现肌电活动下降。
5.X线排粪造影 近年来由于排粪造影(defecography)检查法的临床应用，可对肛门括约肌和肛门直肠作静态及动态观察，并可快速摄片(每秒2～4张)，连续观察排粪动作全过程。发现有些便秘是由于出口有不同程度的梗阻，如直肠套叠、直肠前突、盆底肌痉挛综合征等。这些梗阻都是临床及内镜检查难以发现的，实际上不属于习惯性便秘的范畴。