(一)治疗
随着医学的发展，从20世纪40年代中期开始，肠套叠的死亡率明显下降，且少见重症患儿。
阵发性哭闹、排果酱样大便和腹部触及包块的患儿要高度怀疑肠套叠的可能。若全身情况良好，可即刻行空气或液体(钡剂)灌肠。空气或液体(钡剂)灌肠既是诊断也是复位方法。
腹膜炎、肠穿孔、败血症、可疑肠坏死等均是灌肠禁忌证。症状持续时间越长，灌肠复位的可能性就越小，危险性就越大。
较之钡剂灌肠，空气灌肠具有快速安全、操作更简单、并发症更少、射线照射时间更短等优点。因能够准确获知灌肠压力大小，故有更高成功率。特别是一旦穿孔，钡剂灌肠危害严重。目前国内已普遍采用空气灌肠复位法，复位成功率为75%～94%。若首次复位不成功，可在麻醉下再行试灌。
复位成功后，一般需口服炭片，观察其排出情况，并告之家长，无论是灌肠还是手术，复位成功后均有复发可能。
肠穿孔是空气灌肠最危险的并发症。一旦发生，应立即在剑突与脐连线中点处插入一粗针头，减张排气，并行急诊手术。
少数肠套叠有自发复位的可能。
手术治疗：如果患儿已有休克或腹膜炎症状，或灌肠复位失败，需行剖腹探查。术前应予胃肠减压、静脉输液和预防性抗生素应用等。术中须探查是否存在诱发肠套的器质性病变。肠套叠复发率为2%～20%，其中约1/3发生于首次发病当天，大多数则在6个月内复发。复发者往往没有固定套入部，同一病人可复发多次。手术复位或行肠切除者较少复发。与首次发病者比较，无手术治疗史的复发肠套叠，灌肠复位成功率几乎完全相同甚至略高。复发病人通常就诊较早，症状较轻，仅表现为不适和烦躁。需要注意的是，复发肠套叠应考虑存在肠道病变可能。胸腹部手术术后均有继发肠套叠可能。患儿术后出现肠梗阻表现时，往往首先使人想到绞窄性肠梗阻，因此很少在再次探查术前明确肠套叠诊断。大多术后肠套叠发生于术后1个月内，平均10天左右。造影检查有助于诊断，可表现为小肠梗阻。术后肠套叠多为回回型，需手术复位，但无需肠切除。
(二)预后
婴幼儿原发性回结型肠套叠如能早期诊断，早期应用灌肠复位均可治愈。如病程超过1～2天尤其是已有严重脱水、中毒或休克等症状，多需手术复位或肠切除，其病死率显著提高，达2%～5%。