(一)治疗
1.行为治疗行为治疗的方法颇多，包括脱敏法，即逐渐使患儿接近害怕的情景;认知行为治疗法，减少患儿过多的焦虑;家庭治疗，即帮助父母以适当的态度对待孩子的焦虑。无论哪一种方法，治疗的核心是逐渐暴露，使患儿能面对害怕的情景。
2.药物治疗自20世纪50年代苯二氮卓类药出现后，取代了一些镇静药，而称为“抗焦虑药”，其中常用的为地西泮(安定)，日口服剂量为1～2.5mg，分2～3次服(>5岁)。
三环类抗抑郁剂丙米嗪在临床上已用于分离性焦虑的治疗，此药也常在单独行为治疗时，疗效不明显的情况下，与行为治疗合用。据报道此药结合行为治疗对年幼儿童拒绝上学的疗效较好，但此药不作为分离性焦虑症的首选治疗。
近年来，对于行为治疗和(或)丙米嗪疗效不明显的患儿用盐酸氟西汀(百忧解)显示一定的疗效，但仍有待于临床的随机试验证实之。
(二)预后
大多数纵向研究着重于患儿的拒绝上学症状，年幼儿童早期发病的预后较好，一般能较早回到学校;而青少年儿童在发病时伴有其他症状如学习困难，则预后相对比年幼儿童差一些。作为一个群体来说，儿童患分离性焦虑症是成人期焦虑症的一个风险较大的高危因素。