预防小儿功能性消化不良，主要通过培养健康的饮食习惯和生活方式入手。
建立定时定量的饮食习惯，避免过度饥饿或暴饮暴食，帮助维持胃肠道正常功能。教育孩子吃饭时细嚼慢咽，有助于食物更好地被消化吸收。
均衡膳食，确保孩子的饮食多样化，富含蔬菜、水果、全谷物和优质蛋白质，限制高脂肪、高糖和加工食品的摄入。保证孩子每天有足够的水分摄入，但避免饭前大量饮水，以免稀释胃液。
限制刺激性食物，减少辛辣、油腻及含咖啡因饮料的摄入，这类食物可能刺激胃肠道，引发不适。某些消化不良可能是对特定食物的过敏反应，留意孩子饮食后的反应，必要时可咨询医生进行食物过敏测试。
积极运动：鼓励孩子参与适度的体育活动，有助于促进胃肠蠕动，改善消化功能。但餐后让孩子的身体有一段静息时间，避免立即跑跳或做剧烈运动。
虽然看似与孩子无关，但压力和焦虑也会影响孩子的消化系统。保持家庭氛围轻松愉快，确保孩子有充足的休息和玩耍时间。确保孩子有充足的高质量睡眠，缺乏睡眠会影响身体机能，包括消化系统。