无论是先天性或后天性巨细胞包涵体病，肺炎常被其他全身严重症状所掩盖。新生儿巨细胞肺炎可表现为持续性呼吸窘迫，但同时常有肝脾肿大、黄疸、紫癜和中枢神经系统损害。生后数月发病者，肺炎亦可合并肝、脾增大，有时还并发卡氏肺囊虫肺炎。肺部症状多与其他非细菌性肺炎相似，有咳嗽、呼吸困难、发绀及三凹征等。听诊多无异常，与肺部X线改变不相平行。X线胸片可见广泛的索条状纹理增粗和小叶性炎症浸润灶，呈网点状阴影。患儿有病毒血症时，出现肝大和肝功能低下等慢性肝炎的表现。巨细胞病毒引起的单核细胞增多症难以与EBV引起的传染性单核细胞增多症鉴别。本病缺乏独特的临床表现，常需病毒学和血清学的诊断方法。
1.病原学检查应用人胚肺成纤维细胞可从患者呼吸道分泌物及尿培养分离出巨细胞病毒。尿沉渣涂片后可找到有包涵体的巨细胞。分子生物学技术：聚合酶链反应(PCR)方法直接检测巨细胞病毒DNA，与病毒分离比较具有快速、特异、敏感等优点，目前已应用于早期快速诊断。HCMVpp65检测：HCMVpp65是HCMV的晚期抗原，HCMVpp65抗原血症是活动性HCMV感染的重要标志。检测方法是应用单克隆抗体技术和免疫染色法直接检测被感染细胞内的HCMV编码的蛋白质。该方法诊断活动性HCMV感染的敏感性和特异性≥90%。
2.血清学检查应用免疫荧光、间接血凝抑制及补体结合等试验，均可发现抗体滴度升高。应用间接免疫荧光试验、免疫酶染色法及酶联免疫吸附试验(ELISA)测抗CMV-IgG和IgM抗体，CMV-IgM抗体阳性表示近期感染，有诊断价值。单份血CMV-IgG抗体阳性表示既往感染，而急性期和恢复期双份血清CMV-IgG抗体效价呈4倍或4倍以上增高时有诊断意义，表示有近期感染。