在临床医疗过程中，每一种疾病都有其各自特定诊断及鉴别诊断方法，也是进行疾病治疗前重要的一步。小儿卡肺囊虫肺炎在临床诊断中，由于是一种原虫疾病，因此病原体较容易检测到。但也需要与其他相似疾病进行进行鉴别，防止误诊。下面是几种常见检测方法：
1.血常规检查 示白细胞计数正常或稍高，多伴嗜中性粒细胞增加，约半数病例淋巴细胞减少，嗜酸粒细胞轻度增高，
2.其他 血气分析示显著的低氧血症和肺泡动脉氧分压差加大，NBT试验呈阳性，痰液和气管吸物涂片的病原体检查多为阴性， 胸部X线摄片显示初期在肺门周围出现网状，絮状和条索状模糊阴影，随着病情进展，出现小片状模糊阴影和类结节状阴影，亦可融合成较大的片状阴影，类结节状阴影常为多发性，肺部病变一般自两肺门沿支气管向外周发展，两肺尖和肺底很少受累或受累较轻是本病特点，如病变贴近胸膜，可引起局部胸膜轻度反应性增厚，通常不出现胸腔积液，
小儿卡肺囊虫肺炎的确诊有赖于病原体的检出，目前应用最广泛的是经纤维支气管镜肺活检，经皮肺穿刺或开胸肺活检和支气管肺泡灌洗液检查，阳性率可达90%以上，依靠 气管吸取物或肺活检组织切片染色见肺泡内泡沫状嗜伊红物质的团块中富含原虫，利用乌洛托品硝酸银染色，可查见直径6～8μm的黑褐色圆形或椭圆形的囊体， 位于细胞外，囊虫染色法还有Toluidine blue，环六亚甲胺银，Grdm-Wright，Grimss和免疫荧光抗体染色等，还有人采用高张盐水雾化吸入诱导痰提高病原体检出率，近年来有人采 用ELISA法检测肺囊虫IgG抗体以及乳胶微粒凝集试验查囊虫抗原，或分子生物学技术如PCR作快速早期诊断。
本病需与细菌性肺炎，病毒性肺炎，真菌性肺炎，AIDS及淋巴细胞性间质性肺炎(LIP)相鉴别，其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿而更难鉴别，但LIP多呈慢性，以咳及肺部干啰音为主，有全身淋巴结增大及唾液腺增大，在肺活检病理以成熟淋巴细胞广泛肺间质浸润为特点。
有时候，用某一种检测方法并不能对小儿卡肺囊虫肺炎做出准确诊断，往往需要结合几种检测手段综合检测，才可以得出最终结论。万万不可以以偏概全，以致得出错误结论，最终害人害己，给孩子造成终生遗憾。