1.脑脊液 脑脊液呈化脓性改变，涂片检查可见极短小的革兰阴性杆菌，有的类似球菌。若在同一涂片上发现形态不同的细菌，或长或圆，或单或双不易确定，都应疑为流感杆菌。除摹拟多形杆菌(β-mimapoly morpha)外，其他细菌都无这种多形性。
2.抗原诊断 对6型流感杆菌的快速抗原诊断方法，包括CIE、LA、ELISA等。用CIE法其PRP最低可测浓度为5ng%～10ng%，因此75%～90%流感杆菌脑膜炎可通过此法明确诊断。LA法也很敏感，但易有假阳性。ELISA及放射免疫法更为灵敏，但均需一定设备，费时费力难于推广。
应做X线胸片、心电图、B超和脑CT检查。