主要表现为慢性进行性梗阻性黄疸，伴有明显瘙痒，右上腹慢性疼痛或不适，食欲不振、恶心呕吐、慢性腹泻、营养不良，部分患儿伴有长期低热或高热。体检可触及增大的肝脏，肝脏质硬。晚期可发展为胆汁性肝硬化和门脉高压。部分患儿常伴慢性溃疡性、脾脏结肠炎、Crohns病等，并有生长迟缓和青春期延迟等。继发性硬化性胆管炎：多有直接或间接的致病原因，诊断多无困难。
原发性硬化性胆管炎可按照1970年Myers等提出的标准进行诊断：
①进行性梗阻性黄疸;
②无胆道结石;
③无胆道手术史;
④胆管壁增厚，管腔狭窄;
⑤经长时间观察可排除胆道恶性病变;
⑥无溃疡性结肠炎或克罗恩病等并发症。为明确病变部位，范围以及未受侵犯胆道的外形，可进行B型超声、经皮经肝穿刺造影(PTC)及十二指肠纤维内镜造影等检查。