(一)发病原因衣原体属分为沙眼衣原体(Chlamydiatrachomatis，CT)、肺炎衣原体(Chlamydiapneumoniae，CPN)、鹦鹉热衣原体(Chlamydiapsittaci,CP)和家畜衣原体(Chlamydiapecorum)4种。衣原体属细菌但又有病毒特点，似细菌处为其具有细胞壁，相同的繁殖分裂方式，有DNA和RNA;似病毒为只在细胞内生长。常见的引起肺炎的衣原体为CT和CP。沙眼衣原体感染是发达国家最常见的性病之一，亦可引起非淋菌尿道炎或宫颈炎、盆腔炎。受感染的母亲垂直传染可致婴儿发生结膜炎或沙眼衣原体肺炎。国外报道6个月以下因下呼吸道感染住院婴儿1/4为CT感染，国内研究证实CT肺炎占婴儿肺炎的18.4%，成为婴儿肺炎的重要病原。肺炎衣原体是1989年被正式命名的新衣原体种，人群中的感染非常普遍，可引起支气管炎和肺炎，现公认是5岁以上小儿及成人重要的肺炎病原体之一，近年来也发现可引起5岁以下婴幼儿肺炎。鹦鹉热衣原体肺炎是人畜共患性疾病。人受感染主要是吸入含有鹦鹉热衣原体的鸟粪、粉尘或与病鸟接触而致病，一般可致肺炎，少数病例可累及中枢神经系统。
(二)发病机制衣原体过去曾归属立克次体，现分出成为独立一属。衣原体寄生于宿主细胞内，但不同于病毒，它具有细胞壁，含有DNA和RNA。CT是6个月以下小婴儿肺炎的主要病原之一，多由受感染的母亲通过产道分娩而传染。肺炎衣原体是20世纪80年代中期发现的一种新的衣原体生物种，是严格的人类病原体，不存在动物中间宿主，主要引起人类急性呼吸道感染，尤以肺炎多见，是5岁以上小儿及成人肺炎的病原之一。鹦鹉热衣原体主要寄生于鹦鹉及其禽类和低等哺乳动物体内，人通过与禽类接触或吸入鸟粪或被分泌物污染的羽毛而得病，罕见有人与人之间传播。肺炎衣原体主要通过呼吸道分泌物人与人之间传播，对人类呼吸道肺炎衣原体感染的发病机制及病理改变尚不十分清楚。沙眼衣原体的感染途径：
①胎儿通过母亲产道时直接感染。
②眼部感染衣原体后通过鼻泪管侵入呼吸道。鹦鹉热衣原体侵入呼吸道后经血侵入肝、脾等网状内皮细胞。在单核、吞噬细胞内繁殖后，由血行播散到肺及其他器官，在肺内引起小叶性或间质性肺炎、细支气管炎和支气管上皮细胞脱屑和坏死。病变部位可产生实变和少量出血，肺间质有淋巴细胞浸润，肺门淋巴结可肿大。肝脏可出现局部坏死，脾常肿大，心、肾、神经系统、消化系统等均可受累。