炎症性肠病实验室检查的目的，在于：①排除感染性结肠炎;②了解病情活动性，提示病情缓解或早期预报复发;③指导治疗方案的制定，评价疗效，预测转归;④了解溃疡性结肠炎对其他脏器功能的影响;⑤为本病与其他疾病的鉴别诊断提供客观依据。然而，在溃疡性结肠炎的确诊和病情的评估方面，实验室指标并没有特异性，只能作为本病综合分析的一部分。
1.血液学检查
(1)血红蛋白与血浆蛋白：轻型多正常或仅轻度下降，中、重型可有轻度或有中度下降，甚至有重度贫血与低蛋白水肿。Hb下降可归因于慢性炎性出血与蛋白丢失，铁及其他造血物质缺乏或吸收不良，尤其克罗恩病的回肠病变易致维生素及矿物质吸收障碍与慢性炎症有关的骨髓造血抑制等。另外，尽管患者肾功能正常，红细胞生成素分泌不足在炎症性肠病贫血的形成中亦起着重要作用。
(2)白细胞计数：大多数患者正常。中、重型患者可有轻度升高，少数重症患者可高达30×109/L，有时以中性粒细胞增高为主，严重者可出现中性粒细胞核左移并有中毒颗粒，溃疡性结肠炎白细胞计数增多可能与炎症活动有关，全身应用糖皮质激素也可升高粒细胞。另外，治疗时应用免疫抑制剂，其淋巴细胞计数可能降低。
(3)血小板计数：溃疡性结肠炎和克罗恩病患者复发时，血小板计数可以升高。相对轻、中型溃疡性结肠炎，重型患者的血小板计数大于400×109/L 更常见。但本指标并未广泛应用于炎性肠病的诊断。
2.粪便检查
(1)粪便常规检查：肉眼观以糊状黏液脓血便为最常见，重症者粪质极少，少数患者以血便为主，伴有少量黏液或无黏液。镜检可见大量红细胞、脓细胞，还可见嗜酸性粒细胞，急性发作期粪便涂片中常见有大量多核的巨噬细胞。
(2)病原学检查：炎性肠病病原学检查目的在于排除感染性结肠炎，是本病诊断的一个重要步骤。病原学检查的内容包括：
①细菌培养：应反复多次检查，若满足于临床诊断，须连续做3次以上，如选择科研病例，应连续6次以上。
②溶组织阿米巴滋养体检查：取新鲜粪便，尤其是血性黏液便，反复多次检查(同细菌培养)。
③粪便集卵：留取每次的全部粪便，做集卵和孵化，应连续多次进行(同细菌培养)。可排除慢性血吸虫病及其他寄生虫感染。
④病毒学检查：本病急性发作时，应尽可能用电镜或免疫电镜在粪便中找病毒颗粒，或免疫学方法找病毒特异性抗原，以排除病毒机会性感染。
3.血沉(ESR)检查 炎性肠病患者活动期ESR一般均见增高。ESR一般可反映病情活动性，国外报道，缓解期患者平均ESR为18mm/h，轻度活动者为43 mm/h，中度活动者62mm/h，重度活动者83mm/h。
ESR改变反映了本病活动期血清中某些蛋白质浓度的改变。当血清中某些蛋白质浓度，尤其是r-球蛋白、纤维蛋白原和Y-球蛋白，以及血细胞比容改变时，ESR会发生变化。由于与ESR有关的血清蛋白半衰期长，若临床症状很快改善，ESR往往在临床症状缓解后数天才下降。因此，ESR不能及时反映患者的病情变化。
4.血清急性期反应蛋白的监测 炎性肠病活动期，尤其是重症患者，可出现急性期反应。急性期反应即应激反应，是机体对各种感染或损伤，包括炎症性肠病的一种基本反应，其涉及许多免疫和炎症过程，以及许多器官的功能改变。这种反应常伴有某些在肝脏合成的血清蛋白质含量异常，如a1-酸性糖蛋白、C-反应蛋白，a1-抗胰蛋白酶，纤维蛋白原、a2-巨球蛋白和补体C3等。这些血清蛋白质称为急性期反应蛋白(acute phase response protein)或急性期蛋白(acute phase protein)。其血清含量的监测，对于了解病情活动和评价严重程度有一定价值。
C-反应蛋白(CRP)是一种非特异性急性期反应蛋白，它作为炎性肠病实验室指标的重要优势在于能对炎症发生和消退做出快速反应，其浓度可出现高达1000倍的变化。血清中CRP含量可反应病情活动性、病变范围和严重程度。Sharma等发现29例炎性肠病患者缓解期CRP