应与下列疾病作鉴别：
1.高热惊厥 本病多见于婴幼儿，过去常有高热惊厥史，惊厥发生在体温上升时且多不反复发作，惊厥后面色好，神志正常，并常可找到引起高热的疾病。
2.大叶肺炎 该病与毒痢均为急性起病，外周血白细胞总数及中性粒细胞升高。早期可致休克，脑水肿，但X线检查肺部可有大叶或节段性炎性病变。
3.流行性脑脊髓膜炎 流脑与毒痢均为急起高热，均有内毒素所致微循环障碍表现，合并惊厥。但下列特征有助鉴别：
(1)流脑多发于冬末春初，而毒痢则多见于夏末秋初。
(2)流脑患者70%以上可见皮肤、黏膜出血点及瘀斑。
(3)流脑常有头痛、颈项强直等中枢神经系统感染的症状。
(4)可询问流脑疫苗接种史，如已接种疫苗则很少患流脑。
4.流行性乙型脑炎 毒痢与乙脑由于发病年龄及好发季节大致相同，首发症状均为急起高热，伴有精神萎靡、嗜睡、惊厥等神经系统症状，为此需要作好鉴别。
(1)发病时间不同：二病发病时间不同，毒痢多在起病当天发生惊厥，而乙脑多在起病第3～4天后才发生惊厥。
(2)神经系统体征：乙脑有颈强直、Kernig征(+)、Babinski征(+)等神经系统体征。
(3)流行疫情：乙脑社会上有流行疫情。
(4)疫苗接种史：问疫苗接种史，如接种过疫苗一般不得乙脑。
(5)脑脊液检查：如确有怀疑，可作脑脊液检查，乙脑蛋白及白细胞增多，糖及氯化物一般正常。毒痢脑脊液正常。