1.口服染料试验 乃最简便实用的方法，给病人口服不吸收的染料，如亚甲蓝、骨炭末、刚果红或靛胭脂等，观察有无染料从瘘口排出，并根据排出的时间推测瘘的部位高低，排出染料数量的多少也可作为推测瘘口大小的一个因素。
2.瘘管造影 是更可靠更直接的检查方法。从瘘口插入一根细塑料导管，瘘口用金属物作标志。从导管注入造影剂如泛影葡胺、12.5%碘化钠或碘油等，同时在荧光屏上观察造影剂的走向，此时可调节寻管插入深度、造影剂注入数量和病者体位。挑选合适时间摄片，并在几分钟后可重复摄片，据以了解瘘管长短、通向何段肠道、有无脓肿存在等。
3.胃肠道钡剂造影 亦可显示肠瘘的部位。但由于钡剂较水溶性造影剂为稠，较难完整显示整个瘘管和脓肿。但可观察有无瘘远侧肠道梗阻。另一方面小肠内瘘无法作上述瘘管造影等检查，胃肠钡餐检查就成为主要的诊断检查措施。如怀疑结肠瘘时也可作钡剂灌肠检查。如为胆系肠道间内瘘，腹部平片就可见到胆道内气体显影，在钡餐时则可见到钡剂通过胃肠道瘘口向上进入胆囊或胆管而证实诊断。
4.CT、B超检查 B超有利于腹腔脓肿的定位诊断。肠袢间隐匿部位的脓肿因肠腔的积气而影响检查时，腹部CT检查帮助诊断。