性别认知障碍的女生不会喜欢色彩鲜艳的服装，而会喜欢一些格斗激烈的户外运动和男生爱好的事情，此外，这些女生还会对自己的乳房，月经感到十分厌恶，大声说自己是男生等等。性别认知障碍的男生症状则相反。性别认知障碍治疗方法比较局限，主要是通过心理上的疏导。
1.心理疏导：要对性别认知障碍的人进行心理疏导，其对于治疗性别认知障碍是有一定的效果的。可以聊一聊病人内心是如何判断性别，是极其厌恶自己的生理功能还是极度渴望变成异性，为什么会这么想等等。通过简单的心理疏导来减缓病人内心的渴求。
2.了解性别：可以给病人进行科普，让他们了解充分了解男女性生理上的根本不同，由此可以更加认识清楚厌恶什么，喜欢什么，在灌输正确的性别知识时，让其明白性器官是独一无二的，都是身体的一部分，并尽量让患者要接受它们。
3.通过药物：心理疏导的同时，可以通过药物治疗进行相应的配合，这样能够对病情的缓解起到一定的效果。此外，药物治疗主要是维持体内的雄性激素和雌性激素的相互平衡，切不能因为激素比例的不协调导致大脑思绪混乱引起不必要的疾病。
4.减少压力：在治愈的过程中，性别认知障碍的人难免会因为自己异于常人的想法而遭受到他人的非议嘲笑冷落，这时应该对患者进行相应的心里疏导，减缓他们内心巨大的压力，减少自卑感，树立正确的性别概念，长期的治疗一定会板正这种观念，尽快恢复健康。
性别认知障碍的病人在生活中会受到许多无形的压力，这包括自己面对肉体上厌恶情感和其他人带来不理解的目光，这都会给病人造成更大的心里负担，造成病情的恶化，思想根深蒂固。治愈性别认知障碍就显得十分重要，其可以采用减少压力、通过药物、了解性别、心理疏导的方法进行相应治疗。