吸收不良综合征的病因繁多，有多种分类方法，通常按病因及发病机理分为下列几类：
一、 原发性吸收不良综合征
系小肠粘膜(吸收细胞)有某种缺陷或异常，影响营养物质经粘膜上皮细胞吸收，转运。包括乳糜泻(coeliac disease)和热带口炎性乳糜泻(tropicsprue)等。
二、继发性吸收不良综合征
(一)消化不良
1.胰酶缺乏 如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰腺纤维囊肿、胰腺结石、原发性胰腺萎缩等。
2.胆盐缺乏 如肝实质弥漫性损害、胆道梗阻、胆汁性肝硬化、肝内胆汁淤积症、回肠切除、肠内细菌过度繁殖(肠污染综合征)。
3.肠粘膜酶缺乏 如先天性乳糖酶缺乏症。
(二)吸收不良
1.小肠吸收面积不足 如小肠切除过多(短肠综合征)、胃结肠瘘、不适当的胃肠吻合术，空肠结肠瘘等。
2.小肠粘膜病变 如小肠炎症，包括感染性、放射性、药物性(新霉素秋水仙素等);寄生虫病，如贾弟虫病，园线虫病等。
3.肠壁浸润病变 如淋巴瘤、结核病、克隆病、whipple病等。
4.小肠运动障碍 动力过速如甲状腺功能亢进等，影响小肠吸收时间，动力过缓如假性小肠梗阻、系统性硬皮病，导致小肠细菌过度生长。
5.淋巴血流障碍 如淋巴发育不良，淋巴管梗阻(外伤、肿瘤、结核等)、血液循环障碍(门脉高压症、充血性心力衰竭)。