(一)治疗
对怀疑有泌尿系统感染的新生儿，应予以广谱抗生素治疗，直到药物敏感试验提示有效单个药为止。同时须注意有无尿路畸形等异常。
1.药物治疗 在做完尿培养后应即刻静脉给予抗革兰阴性菌的抗生素。氨苄西林(氨苄青霉素)及氨基糖苷类是最常用的。
氨苄西林(ampicillin)每天75～100mg/kg，分2次静脉注射，亦可用头孢类抗生素，特别是第二、第三代对大多数致新生儿泌尿系统感染的病原菌均有效。新生儿泌尿系统感染患儿静脉抗生素治疗时间通常是10～14天，需随访尿培养，24h后尿培养转阴，表示所用药物有效，否则应按尿培养药敏试验结果调整用药。
如果怀疑有脑膜炎者应考虑使用第三代头孢菌素药物，用药应持续7～10天。
2.尿路梗阻治疗 由于抗生素能随尿流到达感染处，早期抗感染治疗对大多数患儿有效。患急性肾盂肾炎新生儿，抗感染治疗72h后热不退，应怀疑有潜在梗阻的可能。已知有尿路梗阻的新生儿发生泌尿系统感染，必要时应行经皮肾造瘘术;对严重或有肾功能不全的泌尿系统感染新生儿，暂时性排尿措施亦有助于稳定病情。
3.有尿路畸形等异常时 泌尿系统感染的新生儿，若怀疑有先天性尿路畸形、尿路梗阻和膀胱输尿管反流可能，在急性感染控制后，应预防性抗生素治疗(氨苄西林每天12.5mg/kg)，直至放射影像检查排除上述疾病可能。
(二)预后
新生儿急性泌尿系统感染后，经合理抗感染治疗，大多能迅速恢复。定期随访也十分重要。反复发作者可损害肾功能，特别对伴有先天性尿路畸形或尿路梗阻者，如未及时矫治，预后不良。