由于新生儿晚期代谢性酸中毒的症状均非特异性，当新生儿患感染性疾病或其他疾病时，也可出现类似症状，也会发生代谢性酸中毒。因此诊断必须除外其他的病因后才能考虑此病，如注意与新生儿感染性疾病、呼吸系统疾病等相鉴别。