(一)治疗
尚无特效治疗，抗病毒药物疗效不好。治疗目的主要是保护心肌，纠正缺氧、心衰，抗心律失常等支持疗法。
1.自由基清除剂 维生素C有抗自由基、抗氧化、保护心肌细胞的作用，静脉推注还有治疗心源性休克的作用。剂量100～200mg/kg，1次/d，静滴或静注，1个月为1疗程。泛癸利酮(辅酶Q10)有调节免疫功能，抗氧化及改善心肌能量代谢的作用，肌内注射2.5～5mg，1次/d，或口服5mg，2次/d。维生素E清除自由基、抗氧化，50～100mg，2～3次/d，口服。
2.改善心肌代谢药物 二磷酸果糖100～250mg/kg，1次/d，静脉点滴，肾功能衰竭及对磷过敏者禁用。其他改善心肌代谢的药物三磷腺苷、辅酶A、肌苷、细胞色素C等。
3.免疫抑制药 主要指激素治疗，目前有争议。有人认为病毒感染早期，激素可抑制干扰素合成，促进病毒扩散;但也有人认为激素抑制抗原抗体作用，减少过敏反应，利于局部炎症和水肿的消除。目前国内仅用于重症患儿，如有心力衰竭、心源性休克、严重心律失常者。
4.对症处理 有心力衰竭给强心药物，有心律失常给抗心律失常药物等。
(二)预后
新生儿心肌炎的病情是可逆的，若能做到早期论断、早期治疗，多数患儿可能顺利完全康复。一般在发病后1～2周内即可恢复，但心电图的恢复则要1～2个月以后。若合并严重并发症则病死率高。由于本病临床症状常较实际病情轻，有的甚至无明显症状，容易漏诊。病程常迁延，可达数月甚至数年，有的留有后遗症，部分发展为慢性心肌炎，亦可转为慢性心肌病。新生儿心肌炎的病死率较高，死亡病例均有发病急、进展快、病程短的特点，在短期内死亡者，可能与心肌病变广泛有关。心力衰竭不易控制常是死亡的直接原因。新生儿心肌炎预后恶劣的指征是：①肺水肿;②心排血量下降;③额面QRS轴在180°～270°。