1.胆道闭锁 主要是出现黄疸时与新生儿期病理性黄疸的疾病相鉴别。乙肝是肝性黄疸，血清胆红素呈双相反应，但在新生儿早期由于肝细胞排泄功能先受阻，出现的是阻塞性黄疸，故最重要的是与胆道闭锁相鉴别。因后者须争取在出生后3个月内诊断明确后手术。两者可从以下几方面进行鉴别：
(1)病史：乙肝者早期一般情况及胃纳差，黄疸程度有可能波动，白陶土色粪便也有波动，肝脾肿大程度不显著、早期转氨酶高。
(2)血清胎甲球蛋白：乙肝者显著增高，常可大于1600ng/ml。
(3)碘玫瑰红排泄试验：乙肝者服苯巴比妥或考来烯胺后，131I玫瑰红排泄增加而胆道闭锁者无变化。
(4)维生素E吸收试验：乙肝者口服维生素E后可减轻对过氧化氢的溶血作用，而胆道闭锁者不能改善。
(5)脂蛋白X测定：乙肝者脂蛋白X阴性，胆道闭锁者阳性。
(6)其他：如99mTc-IDA显像检查、 B型超声检查、经皮肝活检、十二指肠液胆色素检查对胆道闭锁的诊断更有意义。
2.代谢缺陷病 如半乳糖血症、α1-抗胰蛋白酶缺乏症等。 本病母亲患乙型肝炎，由母亲直接传播给胎儿，新生儿发病率高。实验室检查有助于鉴别诊断。