早期诊断以便制定最佳的治疗手段是NVG治疗的关键。关于鉴别诊断，需要根据疾病的两个阶段进行考虑：一是早期仅有NVI，二是晚期已有眼压升高、角膜混浊和血管充血。无论处于哪一阶段，全面而详细的眼科病史和体检通常可以确立诊断。对于真性NVG，病史至关重要，糖尿病、既往的视力损害(提示陈旧性CRVO或视网膜脱离)、高血压或动脉硬化(提示可能存在的颈动脉疾病)均有临床价值，即使后节检查外观良好也不应该完全排除NVI。
1.Fuchs异色性虹膜睫状体炎NVI可以出现在Fuchs异色性虹膜睫状体炎中，患眼一般安静而不充血，新生血管见于房角，外观纤细、壁薄而脆弱，可有自发性前房积血，但出血更常发生于患眼手术后或房角检查时的某些操作中。这些血管可以跨过巩膜突到达小梁网，青光眼相当常见，大多数为开角性机制，NVI或NVG罕见。在一项大组资料的研究中，103例异色性虹膜睫状体炎患者仅6例有NVI，其中4例发展成为NVG。组织学研究表明，由于虹膜血管内皮增殖和玻璃样变性，管壁局部增厚导致管腔变细和血管灌注降低。荧光造影表明，虹膜血管渗漏、放射性虹膜血管变细和虹膜扇形缺血，这验证了局部虹膜低氧引起NVI的形成。
2.剥脱综合征NVI也可出现在剥脱综合征中，这些血管外观纤细，临床检查时容易疏漏，尤其在深色虹膜的患眼上。通过虹膜造影表明，每个NVI患眼都存在着虹膜低灌注。电子显微镜研究表明，血管壁窗孔变小、管腔变细以及内皮增厚，这解释了荧光渗漏的原因。但尚无真性NVG的文献报道。
3.急性虹膜睫状体炎前节炎症能够引起明显的虹膜新生血管，有时在临床上与NVI难于区分，这在糖尿病时尤其如此，白内障摘除以后严重的虹膜炎和继发性虹膜血管扩张与突发性NVG相像。根据目前对于NVI发病机制和前列腺素在该过程中作用的认识，炎症足以引起虹膜血管充血扩张，已有视网膜灌注损害的患眼中更加明显。无论如何，采用局部皮质激素治疗以后假性NVI会消失，而真性NVI将依然存在。
4.急性闭角型青光眼NVG的体征和症状通常表现得突然而显著，因此患者首次发病，患眼既有炎症且眼压60mmHg甚至更高不足为奇。另一方面，NVG的潜在病因，例如糖尿病或CRVO，一般长期持续存在。NVG进入晚期，眼压升高而且角膜混浊，急性闭角型青光眼在鉴别诊断上肯定首当其冲。即使使用全身高渗剂和局部甘油，虹膜角膜角镜检查已不可能。然而，一般可以通过混浊的角膜看见NVI。更加重要的是，对侧眼的虹膜角膜角镜检查将会提供有关线索，因为窄角和闭角型青光眼往往为双侧性，或有通过手术或激光进行虹膜切除的病史。
5.外伤和出血任何原因的眼内出血，特别是前房积血，可与NVG相混淆。外伤或手术以后应当考虑发生血影细胞性青光眼的可能，如有土黄色的前房积脓或有细小的(4～8µm)土黄色血影细胞覆盖小梁网，一般容易诊断。然而，重复前房积血妨碍观察。病史结合角膜穿刺借助相差显微镜检查前房穿刺吸出液，将会确定血影细胞性青光眼的诊断。