胆道闭锁也就是自己的胆囊功能不发挥作用，这种疾病大多数发生在新生儿阶段，主要是由于先天性的疾病导致的胎儿发育不良。这种患者被治愈的可能性比较小，所以一旦发现就要及时的进行诊治，否则是会影响到孩子以后正常的发育生长的。？那么天生胆道闭锁的病因有哪些呢？
1.病毒感染学说
病源的研究热点主要集中于巨细胞病毒（CMV），轮状病毒（RRV），呼肠孤病毒III型和人乳头瘤病毒（HPV）。
2.免疫损伤学说
1993年，Schreiber 提出“多重打击”假说，认为某种病毒或毒素侵入胆管上皮内，导致胆管上皮表达新的抗原，该抗原被T细胞识别，引发了自身免疫反应，最终导致胆管上皮损伤和肝外胆管的纤维化。Chuang等认为先天性免疫在BA发生中也起着重要的作用，BA患儿可能存在某种遗传缺陷，导致机体对未知病原体的易感性增强，通过刺激免疫细胞的模式识别受体（PRR）激活了先天性免疫系统，该系统与获得性免疫系统共同作用导致BA发生和进展。
3.移植物抗宿主损伤学说
人体内的母体微嵌合体引发的移植物抗宿主损伤可能参与了BA的发生。BA和GVHD（移植物抗宿主病）有很多的相似性：
1）在BA患儿的肝脏中，Kupffer细胞、CD8+和CD4+淋巴细胞存在于损伤的胆管细胞周围，并且在数量和体积上都表现有增高的现象，这在组织学特性方面与GVHD相似。
2）二者的炎症反应也都与粘附分子、HLA-Ⅰ类和Ⅱ类分子在肝细胞和胆管上皮细胞的表达增高有关。研究发现，母体微嵌合体可能通过启动GVHD样反应参与了某些自身免疫性疾病的发生，母体微嵌合体可能以同样的方式参与了BA的发生。BA患者肝脏内存在母体微嵌合体，并且后者与BA的免疫损伤存在关联性，但仍需大量的研究来证实BA是一个由母体微嵌合体诱导的GVHD样自身免疫疾病。
4.遗传病因学说
一般认为BA并非一种遗传性疾病。然而，Smith等曾报道了一对双卵双胞胎姐妹和她们的一个同胞兄弟均患BA的家族性聚集案例，加之他们以往记录的29例家族性BA案例，支持BA是由遗传性和获得性因素共同作用的假说。通常认为，BA患者可能存在某些易感基因，它们包括DLK1，CTGF，ICAM-1，INV，CFC1，MIF等。
5.发育不良学说
胚胎型BA在出生前就可以检测到胆道系统的异常变化。Hinds等曾对194例BA患儿的产前超声进行研究，其中9例诊断为胆道囊性畸形（占总数的4.6%）。产前消化酶的研究显示BA导致的胆汁梗阻在胚胎时期就已经发生，为BA发生于胚胎时期提供了证据。除产前诊断外，胚胎发生学方面的研究也为BA的发育不良学说提供了有力证据。