先天性耳前瘘管一般不会引起头痛，但若病情比较严重，不慎导致细菌侵入局部，或诱发耳廓软骨膜炎，可能会引起上述情况。
先天性耳前瘘管是一种与染色体异常有关的遗传病，约半数患者无症状，无需处理。也有患者会由于侵害损伤外耳及黏膜下组织，出现不同程度的瘙痒、肿胀、溢脓等，一般不会引起头痛。但由于先天性耳前瘘管是一种先天性疾病，若患者不注意局部卫生或者是经常挤压耳前瘘管，可导致细菌侵入局部，引起炎症反应，此时可能会出现头痛的症状。而且，如果炎症未及时控制，还可能会引起耳廓软骨膜炎，此时也可能会出现头痛的症状。此外，头痛的原因有很多，还可能与精神因素、上呼吸道感染、颅内寄生虫感染、脑炎、脑脓肿、脑出血、脑栓塞等疾病有关，建议查明原因，对症处理。
先天性耳前瘘管需要早发现早治疗，患者在恢复期间应注意瘘管清洁卫生，避免感染和挤压。还要注意饮食，尽量避免食用刺激性强的食物，常见的有辣椒、葱、大蒜、韭菜、酒等，可以适当多吃些新鲜的水果和蔬菜。此外，患者要保持良好的心态，身体出现异常要及时就医。