如果母亲所生的第一孩子患有先天性心脏病，第二胎也有先天性心脏病的可能性为 2%左右；若连续两胎都有先天性心脏病，再生的先心病儿可能增至 10%。若母亲患有先心病，第二代患先病的危险性为10%。有先天性心脏病家族遗传史的，兄弟姐妹同时患先心病、父母与子女同时患先心病的情况颇不少见了，而且其疾病性质甚为近似。 孕妇在怀孕早期接触致畸药物，如锂、苯妥英钠或类固醇等，也是可以导致胎儿先心病的，而患病率达到2%。妊娠早期受到放射性物质如X射线、同位素等过量照射。孕妇患有糖尿病而未经治疗和控制病情者，可致胎儿先天性心脏病的危险性为 2%，如果妊娠早期病情控制稳定，则危险性下降。
在怀孕的前3个月，最重要的是怀孕3周-8周，如果是遭到病毒感染，胎儿易发生心脏血管畸形。其中风疹病毒是引起胎儿先心病的主要罪魁祸首。此外，流感、流行性腮腺炎、柯萨奇病毒、疱疹病毒等也往往是小儿先心病的“作案者”。
还有一种也可以导致婴儿先心病，那就是近亲婚配，它是胎儿致畸而发生先心病的高危因素。孕妇嗜好“吞云吐雾”或丈夫吸烟、妻子“被动吸烟”可使胎儿畸形或小儿先心病发生。婴儿先心病发病率，吸烟母亲所生婴儿是不吸烟母亲的二倍。夫妻“酒后同房受孕”，会使胎儿染色体发生异常，生下患酒精中毒症的婴儿，大多数伴有心脏血管异常。 患有先天性心脏病的孩子，应该及时到医院进行治疗，它的临床表现都不一相同，取决于心脏畸形以及复杂的程度，如果是严重的先天性心脏疾病，有很多患儿在出生不久之后，就会出现严重的症状，甚至危害到孩子的生命，如果是比较简单的机型。例如，心室间隔缺损，动脉导管未闭合，早期并没有明显的症状，但是随着病情的发展，患者就应该及早的进行治疗。